जब शिनोबी का एक रहस्यमय समूह कोनोहा पर अचानक हमला करता है, तो गांव खंडहर हो जाता है। तभी यह स्पष्ट हो जाता है कि एक और शिनोबी विश्व युद्ध वास्तविकता बन सकता है। इस बीच, सासुके, जिसने अपने भाई इटाची की हत्या करके अपने कबीले का बदला लेने के लिए कोनोहा छोड़ दिया था, दूसरी बार अपने दोस्तों के सामने आता है।